Deux espèces s'affrontent : les mutants et les êtres humains.
Actuellement, en 2015, le monde est partagé entre deux espèces : les mutants aux pouvoirs exceptionnels et les êtres humains. Il y a ceux qui soutiennent la cause mutant parce qu’ils le sont eux-mêmes ou parce qu’ils sont humains et ont des proches mutants. Et puis, il y a les autres humains qui les détestent par peur et ceux qui se battent chaque jour pour exister.
Parmi eux, deux leaders s’affrontent : Charles Xavier qui veut une cohabitation pacifique entre mutant et humain, il a d’ailleurs même créé un institut « pour enfants surdoués » destinés aux mutants pour les aider à maitriser leurs dons et Magnéto, qui pense que l’espèce mutante est la seule digne d’exister.
Au sein du gouvernement, « Le fauve » (Henry McCoy) est ministre des mutants et défend leur cause auprès du Président des États-Unis et du gouvernement. Il travaille toujours avec l’institut de Charles.
À l’école, Xavier a décidé de recruter le maximum de mutants grâce au cérébro pour les aider au mieux. Des travaux ont été réalisés dans l’école et le dispositif d’accueil est désormais en place pour accueillir plusieurs nouveaux élèves. Les X-men se mobilisent pour offrir les meilleurs cours possibles, d’ailleurs de nouveaux professeurs aux divers pouvoirs sont arrivés. La plupart sont des anciens élèves qui reviennent à la maison ou d’anciennes connaissances de Charles qui n’ont pas voulu de son aide dans leur jeunesse, mais qui ont appris à contrôler leurs dons et qui souhaitent maintenant rejoindre la cause qu’il défend.
Mais tous ne sont pas aussi pacifistes que lui. De l’autre côté, l’on trouve la confrérie de Magnéto, dont la puissante Mystique à l’ADN exceptionnelle qui lui permet de prendre l’apparence de qui elle souhaite. Grâce à cela, Magnéto a décidé d’intégrer le gouvernement de l’intérieur et de faire pression sur les hommes qui votent les lois afin que les mutants obtiennent gain de cause dans un premier temps. Éric est bien décidé à faire payer aux humains et à faire de sa philosophie une réalité…
En parallèle, les mutants se posent beaucoup de questions : il y a Jean, qui a de plus en plus peur « du Phoenix » qui dort en elle, Malicia qui se demande comment va évoluer son pouvoir et sa relation avec Bobby, les jeunes mutants qui se demandent quel camp intégrer, Logan qui souhaite retrouver sa mémoire…
À l’heure où la question délicate de la cohabitation se pose, quel camp allez-vous rejoindre ?.